Kluczowa różnica: EEPROM jest rodzajem nieulotnej pamięci, która jest modyfikowalną przez użytkownika pamięcią, którą można nieustannie usuwać i przeprogramowywać przez użytkowników, stosując wyższe niż normalne napięcie elektryczne wytwarzane zewnętrznie lub wewnętrznie. FlashROM to uniwersalne narzędzie do programowania pamięci flash służące do wykrywania, odczytu, weryfikacji, usuwania lub zapisywania układów BIOS w pakietach DIP, PLCC, SOIC, TSOP lub BGA.
Od początku istnienia komputera wystąpiły problemy z pamięcią i możliwością przechowywania danych do momentu wyłączenia komputera lub w przypadku, gdy dane są nadal przechowywane, nawet po jego wyłączeniu. Pierwotnie wynalezione układy pamięci były drogie i mogły zostać zapisane tylko raz, zanim zostaną odrzucone. Stało się to kosztowną miarą, a te żetony były używane tylko do przechowywania programów wymaganych przez komputer; jednak wraz z rosnącym popytem na tańszą pamięć powstały różne rodzaje wspomnień.
Najpierw zrozumiemy, czym jest ROM. Pamięć tylko do odczytu jest rodzajem nieulotnej pamięci masowej w komputerze. Każdy komputer jest wyposażony w pamięć zawierającą instrukcje dotyczące uruchamiania komputera. ROM przechowuje krytyczne programy, takie jak program uruchamiający komputer i wykonujący diagnostykę. Dane przechowywane w pamięci ROM nie mogą być łatwo przepisane lub zmodyfikowane. Te dane również nie zostaną utracone, gdy komputer zostanie wyłączony.

Główną cechą pamięci EEPROM jest to, że dane mogą być wprowadzane i usuwane do systemu jeden bajt na raz, co pozwala programistom na pełną kontrolę nad tym, jakie dane są wprowadzane. Jednak ta metoda zajmuje dużo czasu, ponieważ dane są wprowadzane i usuwa bajt po bajcie. System EEPROM może być również aktualizowany za pomocą łatek i zwykle służy do przechowywania systemu BIOS (podstawowego wejściowego systemu wyjściowego) komputera. Współczesne pamięci EEPROM porzuciły funkcję jednobajtową i przestawiły się na operacje na wielobajtowych stronach; jednak nadal mają ograniczoną żywotność (liczbę zmian pamięci ROM w pamięci). Technologia EEPROM została zbudowana przez George'a Perlegosa w 1978 roku w firmie Intel dla procesora Intel 2816.

FlashROM używa pamięci Flash, która jest nieulotną pamięcią używaną w komputerach do przechowywania danych. Można go łatwo wymazać i zaprogramować elektrycznie. Istnieją dwa rodzaje pamięci Flash: NAND i NOR. Zostały one nazwane po bramkach NAND i NOR, ponieważ poszczególne komórki pamięci flash wykazują cechy podobne do tych bramek. Pamięć flash typu NAND umożliwia podział pamięci na bloki, w których pamięć jest zapisywana i kasowana w blokach lub na stronach i jest zwykle mniejsza niż całe urządzenie, dzięki czemu przyspiesza zapisywanie i kasowanie danych w pamięci. Pamięć typu NOR umożliwia samodzielne zapisywanie i odczytywanie pojedynczego słowa maszynowego. Ze względu na to, że bloki pamięci działają jako jeden blok do wymazywania, a jednocześnie umożliwiają zapisywanie danych na poziomie bajtów, flash ma znaczną przewagę nad EEPROM. Błysk jest również uważany za lepszy, ponieważ zużywa mniej energii, jest bardziej trwały i może przetrwać nadmierne ciepło i ciśnienie.
Zarówno EEPROM, jak i Flash są wykorzystywane w komputerze w zależności od firmy, która projektuje system. Choć Flash jest typem pamięci EEPROM, różni się znacznie pod względem zapisu i usuwania danych z pamięci.